| Name | What | Region | Country | Lat | Long | Elev Ft. | Pop Est |
| Yaene | city | Tokyo-to | Japan | 33.1 | 139.7666667 | 0 | 22575 |
| Yagisawa | city | Tokyo-to | Japan | 35.7386111 | 139.5722222 | 167 | 716606 |
| Yanagibashi | city | Tokyo-to | Japan | 35.7 | 139.7833333 | 16 | 733224 |
| Yanaka | city | Tokyo-to | Japan | 35.7166667 | 139.7666667 | 52 | 796065 |
| Yodobashi | city | Tokyo-to | Japan | 35.6833333 | 139.6833333 | 131 | 802746 |
| Yodobashicho | city | Tokyo-to | Japan | 35.6833333 | 139.6833333 | 131 | 802746 |
| Yodobashichō | city | Tokyo-to | Japan | 35.6833333 | 139.6833333 | 131 | 802746 |
| Yoko | city | Tokyo-to | Japan | 35.8 | 139.1833333 | 1368 | 681388 |
| Yokodawa | city | Tokyo-to | Japan | 35.6597222 | 139.2875 | 521 | 731995 |
| Yokogawabashi | city | Tokyo-to | Japan | 35.7 | 139.8166667 | 3 | 696022 |
| Yokokawabashi | city | Tokyo-to | Japan | 35.7 | 139.8166667 | 3 | 696022 |
| Yokoo | city | Tokyo-to | Japan | 35.8 | 139.1833333 | 1368 | 681388 |
| Yokota | city | Tokyo-to | Japan | 35.75 | 139.3833333 | 413 | 725279 |
| Yokō | city | Tokyo-to | Japan | 35.8 | 139.1833333 | 1368 | 681388 |
| Yotsuya | city | Tokyo-to | Japan | 35.6263889 | 139.2877778 | 656 | 731995 |
| Yoyogi-sanya-mati | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.6666667 | 108 | 802746 |
| Yoyogi-sanyacho | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.6666667 | 108 | 802746 |
| Yoyogi-sanyachō | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.6666667 | 108 | 802746 |
| Yoyogi-sanyamachi | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.6666667 | 108 | 802746 |
| Yurakucho | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.7666667 | 3 | 733224 |
| Yuwai | city | Tokyo-to | Japan | 35.75 | 139.2333333 | 859 | 802326 |
| Yūrakuchō | city | Tokyo-to | Japan | 35.6666667 | 139.7666667 | 3 | 733224 |
|
|