| Name | What | Region | Country | Lat | Long | Elev Ft. | Pop Est |
| Sakanashi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.9333333 | 131.1333333 | 1925 | 35914 |
| Sakitsu | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3166667 | 130.0333333 | 308 | 28088 |
| Sakitu | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3166667 | 130.0333333 | 308 | 28088 |
| Sasakura | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.95 | 131.2 | 2372 | 35889 |
| Sashichi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3 | 130.5 | 328 | 30654 |
| Sashiki | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3 | 130.5 | 328 | 30654 |
| Sasiki | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3 | 130.5 | 328 | 30654 |
| Sekimachi | city | Kumamoto-ken | Japan | 33.05 | 130.5333333 | 285 | 89061 |
| Senzoku | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.5666667 | 130.4666667 | 252 | 14990 |
| Shimo-kawachi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.4333333 | 130.3 | 1312 | 33237 |
| Shimo-koga | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.8166667 | 130.9 | 925 | 35966 |
| Shimo-rokka | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.75 | 130.7666667 | 104 | 35998 |
| Shimo-rokuka | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.75 | 130.7666667 | 104 | 35998 |
| Shimo-tajiri | city | Kumamoto-ken | Japan | 33.0166667 | 131.1666667 | 2427 | 33835 |
| Shimo-tashiri | city | Kumamoto-ken | Japan | 33.0166667 | 131.1666667 | 2427 | 33835 |
| Shimo-tatsuda | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.8166667 | 130.7333333 | 104 | 35966 |
| Shimo-tatsuta | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.8166667 | 130.7333333 | 104 | 35966 |
| Shimo-tsukigi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.1833333 | 131.0666667 | 1312 | 28785 |
| Shimo-tsukiki | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.1833333 | 131.0666667 | 1312 | 28785 |
| Shimo-uchida | city | Kumamoto-ken | Japan | 33.0333333 | 130.75 | 328 | 35882 |
| Shimoda | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.85 | 131.0166667 | 1220 | 35949 |
| Shimotsu-fukae | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.4166667 | 130.0166667 | 984 | 19296 |
| Shimozuru | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.75 | 130.9166667 | 1532 | 35998 |
| Shiotsu | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.8166667 | 130.6 | 328 | 21698 |
| Shioya | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.6666667 | 130.55 | 282 | 17274 |
| Shioya | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.8166667 | 130.6 | 328 | 21698 |
| Simotuhukae | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.4166667 | 130.0166667 | 984 | 19296 |
| Someda | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.2833333 | 130.9833333 | 656 | 36184 |
| Someta | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.2833333 | 130.9833333 | 656 | 36184 |
| Sugimi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.9166667 | 130.85 | 515 | 35914 |
| Sugimizu | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.9166667 | 130.85 | 515 | 35914 |
| Suji | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.5166667 | 130.3333333 | 104 | 12825 |
| Sujimura | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.5166667 | 130.3333333 | 104 | 12825 |
| Sumiyoshi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.7 | 130.6 | 209 | 25774 |
| Sunosaki | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3833333 | 130.4166667 | 173 | 9197 |
| Susaki | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.3833333 | 130.4166667 | 173 | 9197 |
| Suzi | city | Kumamoto-ken | Japan | 32.5166667 | 130.3333333 | 104 | 12825 |
|
|